Początek reformy rozwiał jednak te nadzieje, gdyż okazało się, że w większości placówek wielkość kontraktów wynegocjowanych z Kasami Chorych nie pokrywa kosztów ich funkcjonowania. Ponieważ w pierwszej kolejności należało ponosić zobowiązania związane z kosztami leczenia, nie starczało środków na podwyżki wynagrodzeń, nie mówiąc już o poprawie relacji płac. W latach 2000-2003 znaczna część placówek publicznych nie mogła wypłacić pracownikom pełnej wysokości przysługujących podwyżek, wiele musiało zawiesić wypłatę premii, a niektóre przestały regularnie wypłacać wynagrodzenia.

Trudna sytuacja finansowa doprowadziła nawet do zmiany wrażliwości dyrektorów placówek, niektórzy czują się zwolnieni z tradycyjnego motywowania przez zróżnicowanie płąc między stanowiskami pracy i pracownikami z uwzględnieniem kwalifikacji i efektów pracy oraz przez podwyżki stawek i premii. Kilku w rozmowie z autorem stwierdziło, że wystarczającym czynnikiem motywującym do dobrej pracy jest sam fakt zatrudnienia oraz regularnie wypłacane wynagrodzenie.

Takim postawom dyrektorów samodzielnych publicznych ZOZ sprzyja również sytuacja na rynku pracy. W innych zawodach poziom płac decyduje o konkuren-cyjności, wpływa też na fluktuację kadr. Zarządy firm wykorzystują rynkowe przeglądy płac, aby zapewnić odpowiednią motywacyjność płac i zatrudnienie kadry o wysokich kwalifikacjach, a z drugiej strony nie przekroczyć istotnego dla konkurencyjności poziomu kosztów wynagrodzeń. Tymczasem w większości SP ZOZ ten problem nie występuje. Ponieważ sytuacja finansowa placówek jest podobna, a możliwości zmiany pracy przez lekarzy i pielęgniarki bardzo ograniczone (w mniejszych miejscowościach działa zwykle jeden szpital i kilka przychodni) nie ma potrzeby wykorzystywania monitoringu wynagrodzeń. Jednocześnie kierownictwo ZOZ wie, że nawet niezadowoleni pracownicy nie zrezygnują z pracy i będą wykonywać swoje obowiązki, gdyż nie mają innego wyboru. Niezadowolenie może natomiast wpływać niekorzystnie na zaangażowanie w proces leczenia (poziom świadczonych usług).