W orzecznictwie Trybunał dopuścił jednak możliwość dyskryminacji odwrotnej – surowszego traktowania własnych podmiotów w porównaniu z podmiotami zagranicznymi.

Zabronione jest tylko różnicowanie arbitralne, dopuszczalne jest natomiast różnicowanie ze względów merytorycznych. Samowolna dyskryminacja ma miejsce wówczas, gdy odpowiednie przepisy prawa krajowego lub ustalona praktyka takiego państwa otwarcie wymienia obywatelstwo lub pochodzenie, jako podstawę do rozróżnienia. W przypadku zamówień publicznych byłyby to takie postanowienia, które przykładowo zobowiązywałyby podmioty zamawiające do udzielania pewnego procentu zamówień przedsiębiorcom krajowym lub nakładałyby obowiązek stosowania preferencji krajowych. Artykuł 12 TWE zakazuje również pośredniej dyskryminacji, która nie różnicuje wyraźnie sytuacji cudzoziemca, jednak formułuje takie warunki czy zastrzeżenia, które w praktyce dotyczą tylko cudzoziemców.

Zakaz dyskryminacji obowiązuje Wspólnotę Europejską i państwa członkowskie. Nie jest natomiast do końca jasne, na ile wiąże on podmioty o charakterze prywatnym.

Artykuł 12 TWE obowiązuje z zastrzeżeniem szczególnych postanowień Traktatu dotyczących przede wszystkim swobodnego przepływu towarów, usług, pracowników i swobody przedsiębiorczości, zawierających szczególne zakazy dyskryminacji. Jak to potwierdził Trybunał Sprawiedliwości w jednym z ostatnich orzeczeń Skatteministeriet v. Bent Vestergaard art. 12 TWE stanowiący ogólny zakaz dyskryminacji ma zastosowanie zwłaszcza wtedy, gdy Traktat nie precyzuje żadnych szczególnych postanowień dotyczących równego traktowania.